Інколи настають обставини, за яких судновласник повинен виключити судно з Державного суднового реєстру України та Суднової книги України. До таких обставин відносять: втрату судном права плавання під Державним Прапором України; загибель судна або визнання безвісно зниклим; не придатність судна до використання; закінчення строку договору бербоут-чартера; заяву судновласника, як приклад, при продажі судна. Враховуючи обставини судно можна повністю або тимчасово виключити з реєстру. Тимчасове виключення судна з реєстру/книги відбувається при тимчасовій передачі судна у володіння іноземного підприємства або фізичної особи, при цьому здійснюється заміна українського прапора на прапор іноземної держави. Нижче наведено поетапну процедуру виключення судна з реєстру.

Сплата адміністративного/реєстраційного збору за припинення реєстрації судна. Щоб виключити судно з Державного суднового реєстру України необхідно сплатити половину суми, яка сплачувалась за реєстрацію судна, тимчасове виключення вартує 0,8 від суми, яка була сплачена за реєстрацію судна. Якщо потрібно виключити судно з Суднової книги України (або тимчасово виключити судно), то сума збору становить 2684 грн (виключення за 2 робочих днів) або 1342 грн (виключення за 5 робочих дні). Виняток: адміністративний/реєстраційний збір не сплачується, у випадках загибелі судна, визнання його зниклим безвісти або у разі неможливості його використовувати надалі. Квитанція про оплату вищезазначених зборів обов’язково подається разом з заявкою та іншими документами.
Підготовка письмового обґрунтування причин анулювання реєстрації судна. Даний документ може бути довільної форми. Обов’язково описуються підстави для припинення або тимчасового припинення реєстрації судна. При виключенні судна з Суднової книги України письмове обґрунтування подається у випадках загибелі судна, визнання його безвісно зниклим або непридатності судна до використання.
Підготовка заяви на припинення реєстрації судна. Перш за все варто зазначити, що заява на виключення з реєстру судна формується в довільній формі. Зазвичай в заяві вказуються дані: реквізити суднового патенту або білету, інформацію про судно, інформацію про судновласника або фрахтувальника та підстави для виключення. Також в заяві зазначаються: спосіб отримання документів та бажаний термін розгляду документів (від цього залежить розмір адміністративного збору). Обов’язково до заяви необхідно прикласти опис документів, які додаються.
Підготовка додаткових необхідних документів, які додаються до заявки. Необхідно додати оригінали таких документів: суднового патенту/білету (або тимчасового патенту/білету); свідоцтва про право власності на судно; свідоцтво про мінімальний склад екіпажу (за наявності); дозвіл заставодержателя на припинення реєстрації (якщо судно в заставі). Також, потрібно подати копії паспорта та рнокпп власника судна (для фізичних осіб, ФОП), копії виписки з ЄДРПОУ та установчих документів (для ЮО). Варто зазначити, що судновий патент не потрібно подавати у випадках загибелі судна, зникнення його безвісти.
Видача підтверджувального документа про припинення реєстрації судна. Державна служба морського і внутрішнього водного транспорту та судноплавства України розглядає документи заявника протягом 2 або 5 робочих днів (на вибір заявника) та відповідно видає свідоцтво про виключення (або про тимчасове виключення) судна з відповідного реєстру/книги. Відповідне свідоцтво направляється поштою або видається особисто заявнику, в залежності від обраного способу отримання самим заявником. Як надалі включитися в державний реєстр? Подробиці процедури державної реєстрації.